فصائل المقاومة وصفت مشاركة السلطة الفلسطينية في الاجتماع بأنها خيانة لدماء الشهداء وطعنة جديدة لتضحيات الشعب الفلسطيني. وقالت ان الاجتماع استكمال لمخططات التآمر على الشعب الفلسطيني وقضيته ومحاولة جديدة لاستئصال مشروع المقاومة. ودعت الفصائل الى النفير العام والاحتجاج ضد الاجتماع واكدت أن المشاركين في هذا الاجتماع خارجون عن الإجماع الوطني ولا يمثلون إلا أنفسهم.

حركة حماس بدورها حذرت من ان الاجتماع يرمي لبحث كيفية تنفيذ الخطة الأمنية الاميركية لقمع المقاومة وبأيد فلسطينية. فيما رأت حركة الجهاد الاسلامي ان مشاركة السلطة الفلسطينية في مؤتمر العقبة يشجع القتلة على مزيد من المجازر واصفة المؤتمر بأنه غطاء لإطلاق يد الصهاينة في الضفة وتوسيع وشرعنة الاستيطان.